Der Generalsekretär wird vom Exekutivkomitees ernannt und ist diesem verantwortlich. Sein/ihr Name wird dem Heiligen Stuhl mitgeteilt. Er ist der Hauptgeschäftsführer der Katholischen Bibelföderation und direkt für das Generalsekretariat verantwortlich.
Er/sie fungiert als Sekretär des Exekutivkomitees und des Verwaltungsrates, wobei er/sie nicht stimmberechtigter ist. Er/sie übernimmt diese Aufgabe hauptamtlich (vgl. Verfassung , Art. X.1). Er/sie empfiehlt dem Exekutivkomitee Kandidaten für die Ernennung von Amtsträgern der Föderation. Er/sie beruft regelmäßige Treffen der regionalen und subregionalen Koordinatoren ein und nimmt daran teil. Darüberhinaus nimmt er/sie alle anderen Aufgaben wahr, die ihm/ihr vom Exekutivausschuss übertragen werden.
Der Generalsekretär besucht die Mitglieder, stellt enge Beziehungen zwischen ihnen her und fördert die Koordination ihrer Arbeit und ihres Erfahrungsaustausches. Er/sie organisiert die Treffen der (Sub)Regionalkoordinatoren, des Exekutivausschusses und der Vollversammlung.
Pater Jan J. Stefanów SVD ist seit Januar 2014 Generalsekretär mit Sitz in Vatikan. Er absolvierte 1998 sein Lizentiat in Biblischer Theologie an der Gregoriana mit einer Arbeit über die Theologie der Schöpfung in Ben Sirach (Kapitel 16, 24-17.14). P. Stefanów war 2000-2003 Direktor des Bibelzentrums der SVD in Quito, Ekuador, und Professor für Biblische Studien der Päpstlichen Universität St. Thomas von Kolumbien. Von 2003 an war er biblischer Koordinator der Polnischen Provinz der SVD; 2006-2010 war er Professor für Biblische Studien und Missiologie am Seminar in Bydgoszcz, Polen, und 2006-2013 Professor am Seminar in Pieniężno. P. Stefanów diente von 2009 bis 2013 als biblischer Zonenkoordinator der SVD in Europa. Seit 2000 ist er in der KBF aktiv. Er nahm teil an den Vollversammlungen der KBF im Libanon (2002), in Dar es Salaam, Tansania (2008) und in Ariccia, Italien (2011), sowie am Dei Verbum-Kongress in Rom (2005). 2012-2013 war er Mitglied des Vorstands der KBF und Vorstandsmitglied der Stiftung Dei Verbum.