El Secretario General es nombrado por el Comité Ejecutivo y es responsable ante él. Su nombre se comunica a la Santa Sede. Es el Director General de la Federación Bíblica Católica y responsable directo del funcionamiento de la Secretaría General.
Actúa como secretario del Comité Ejecutivo y del Consejo de Administración, sin derecho a voto. Recomienda al Comité Ejecutivo los candidatos a ser nombrados funcionarios para ejecutar el trabajo de la Federación. Convoca las reuniones periódicas de los coordinadores regionales y subregionales. Asiste a las reuniones regionales y subregionales y desempeña las demás funciones que le asigne el Comité Ejecutivo. Es un funcionario a tiempo completo (véase el artículo X.1 de los Estatutos).
Durante las visitas del Secretario General, los miembros tienen la oportunidad de discutir y evaluar su trabajo y sus esfuerzos. El Secretario General establece relaciones estrechas entre los miembros e intenta coordinar mejor sus esfuerzos y compartir sus experiencias. Organiza las reuniones de los Coordinadores Subregionales, del Comité Ejecutivo y de la Asamblea Plenaria.
El P. Jan J. Stefanów, svd es Secretario General desde enero de 2014. Se licenció en Teología Bíblica en la Universidad Gregoriana con la tesis sobre la teología de la creación en Ben Sirach 16:24-17:14 (1998). El P. Stefanów fue director del centro bíblico de la SVD en Quito y profesor de Estudios Bíblicos en la sección de Quito de la Universidad Pontificia Santo Tomás de Colombia desde 2000 hasta 2003. A partir de 2003, fue coordinador bíblico de la Provincia Polaca SVD; de 2006 a 2010, fue profesor de Estudios Bíblicos y Misionología en el Seminario de Bydgoszcz (Polonia) y de 2006 a 2013 profesor en el Seminario de Pieniężno. El P. Stefanów ha servido como Coordinador Zonal del Área Bíblica de la SVD para Europa de 2009 a 2013. Ha estado activo en la FEBIC desde el año 2000. Participó en las Asambleas Plenarias de la FEBIC en Líbano (2002), en Dar es Salaam (Tanzania) (2008) y en Ariccia (2011), así como en el Congreso Dei Verbum en Roma en 2005. Ha sido miembro del Consejo de Administración de la FEBIC y uno de los miembros del Consejo de la Fundación Dei Verbum de 2012 a 2013.