Le Secrétaire général est nommé par le Comité exécutif et responsable devant lui. Son nom est communiqué au Saint-Siège. Il/elle est l'administrateur principal de la Fédération Biblique Catholique et est directement responsable du fonctionnement du Secrétariat Général.
Il/elle agit en tant que secrétaire du Comité exécutif et du Conseil d'administration, sans droit de vote. Il/elle recommande au Comité exécutif les candidats à nommer en tant que responsables pour exécuter le travail de la Fédération. Il/elle convoque les réunions régulières des coordinateurs régionaux et sous-régionaux. Il/elle assiste aux réunions régionales et sous-régionales et s'acquitte de toute autre tâche qui lui est confiée par le Comité exécutif. Il/elle est un(e) fonctionnaire à plein temps (cf. Constitution, Art. X.1).
Lors des visites du secrétaire général, les membres ont l'occasion de discuter et d'évaluer leur travail et leurs efforts. Le secrétaire général établit des relations étroites entre les membres et tente de mieux coordonner leurs efforts et de partager leurs expériences. Il/elle organise les réunions des coordinateurs sous-régionaux, du comité exécutif et de l'assemblée plénière.
Le P. Jan J. Stefanów, svd est secrétaire général depuis janvier 2014. Il a fait sa licence en théologie biblique à l'Université Grégorienne avec une thèse sur la théologie de la création dans Ben Siracide 16:24-17:14 (1998). Le père Stefanów a été directeur du centre biblique de la SVD à Quito et professeur d'études bibliques à la section de Quito de l'Université pontificale Saint-Thomas de Colombie de 2000 à 2003. À partir de 2003, il a été le coordinateur biblique de la province polonaise de la SVD ; de 2006 à 2010, il a été professeur d'études bibliques et de missiologie au séminaire de Bydgoszcz (Pologne) et de 2006 à 2013 professeur au séminaire de Pieniężno. Le père Stefanów a été coordinateur de la zone biblique de la SVD pour l'Europe de 2009 à 2013. Il est actif au sein de la FBC depuis 2000. Il a participé aux Assemblées plénières de la FBC au Liban (2002), à Dar es Salaam (Tanzanie) (2008) et à Ariccia (2011), ainsi qu'au Congrès Dei Verbum à Rome en 2005. Il a été membre du conseil d'administration de la FBC et l'un des membres du conseil de la Fondation Dei Verbum de 2012 à 2013.